Монастырь назван в честь Новомучеников и исповедников Церкви Русской, пострадавших за веру в годы гонений на Церковь со стороны безбожной советской власти. Он находится при храме в честь Всех святых, расположенного в бывшем кинотеатре «Луч». Храм в честь Всех святых был освящён 31 декабря 1993 года.

С 1996 года началась собираться монашеская община, ставшая впоследствии основой для создания монастыря. 6 октября 1999 года по ходатайству Преосвященнейшего Сергия, епископа Новосибирского и Бердского, и по благословению Патриарха Московского и всея Руси Алексия II, решением Священного Синода (журнал № 106) приход в честь Всех святых преобразован в монастырь. Община приобрела официальный статус.